A água, proveniente de uma mina, abastecia o convento graças a um canal de quatrocentos metros de comprimento, com duas nascentes tributárias. Era recolhida na pequena mãe de água localizada na Casa das Águas, reservatório a partir do qual era depois distribuída. Pela direita, a água era conduzida para um pequeno tanque que facilitava a sua recolha, seguindo depois para a fonte do claustro. Pela esquerda, a água servia para a lavagem das latrinas. Uma divisão com estas características não deixa de ser invulgar numa casa do século XVI, pois são bem conhecidas as poucas condições de higiene e de salubridade da época. Estes homens, contudo, viam na água um elemento de purificação.